Dans cette seconde partie, Sinouhé est de retour en Égypte après ses voyages à travers le monde. Fort de son expérience, il devient le médecin personnel du pharaon Akhenaton, un souverain profondément idéaliste qui cherche à imposer le culte unique du dieu Aton.
Au cœur du pouvoir, Sinouhé est témoin des bouleversements que cette réforme religieuse provoque : le peuple est déstabilisé, les prêtres traditionnels s’opposent violemment, et l’empire s’affaiblit face à ses ennemis extérieurs. Pendant ce temps, son ami Horemheb gagne en influence au sein de l’armée et incarne une vision plus pragmatique et dure du pouvoir.
Sinouhé, lui, reste partagé entre son admiration pour la vision d’Akhenaton et sa lucidité face aux conséquences catastrophiques de ses décisions. Il soigne, observe, mais se sent de plus en plus impuissant face à la folie des hommes, aux intrigues politiques et à la violence qui s’installe.
Peu à peu, les idéaux s’effondrent : les guerres se multiplient, les alliances se brisent, et le règne d’Akhenaton s’achemine vers une chute inévitable. Désabusé, Sinouhé perd ses illusions sur la grandeur, la justice et même sur l’humanité.
